根据国务院《殡葬管理条例》第八条规定：“建设殡仪服务站、骨灰堂，由县级人民政府和设区的市、自治州人民政府的民政部门审批”。第九条规定：“任何单位和个人未经批准，不得擅自兴建殡葬设施”。民政部《关于贯彻执行<殡葬管理条例>中几个具体问题的解释》（民事发[1998]10号）“兴建冠以殡仪馆、火葬场、骨灰堂、公墓、殡仪服务站等名称的单位，必须经民政部门审批；不直接冠以殡葬设施名称但从事殡葬服务项目的，该项目也必须经民政部门审批”。

因此寺庙未经批准擅自修建骨灰堂并存放骨灰的行为违反了《殡葬管理条例》，根据《殡葬管理条例》第十八条规定，由民政部门会同建设、土地行政管理部门予以取缔，责令恢复原状，没收违法所得，可以并处违法所得1倍以上三倍以下的罚款。